Oorspronkelijk maakte het gebied deel uit van de landbouwgemeente Weesperkarspel. Toen er in de jaren zestig grote vraag was naar woonruimte werd besloten hier een nieuwe stad te bouwen. Na de annexatie ven het gebied in augustus 1966 door de gemeente Amsterdam, werd gestart met de bouw van de Bijlmermeer. Het opvallende is dat het het enige stadsdeel is dat geen grenzen deelt met de rest van Amsterdam. De gemeenten Diemen en Duivendrecht voorkomen dat. 
Vanaf 2014 was Zuidoost een stadsdeel van de gemeente Amsterdam. Met een grote groep inwoners van etnische afkomst kreeg de Bijlmermeer een slechte naam, hier is overigens niet veel van te merken als je er doorheen wandelt.